! 分子の読み込み ! ファイル名を""で囲みます. ! LOAD "c:\pdb files\sample.pdb" のように書きます. ! $BIOBOXでBioBoxがインストールされているフォルダを指定できます. LOAD "$BIOBOX\sample\sample01.pdb" ! 経過時間指定(数値 x 100ms) # 1 ! ズーム(120%) ZOOM 120 ! レンダリング(全ての原子をStickで表示します) RENDER * Stick Normal Normal # 5 ! レンダリング(一つ目の分子をBall&Stickで表示します) RENDER 1 BallandStick Normal Normal # 5 ! レンダリング(二つ目の分子をSpacefillで表示します) RENDER 2 Spacefill Normal Normal # 5 ! レンダリング(全ての原子をDotで表示します) RENDER * Dot Normal Normal # 5 ! レンダリング(全ての原子をWireframeで表示します) RENDER * Wireframe Normal Normal # 5 ! ナビゲーション ! ウィンドウに表示したい文字列を""で囲みます. ! 日本語も表示することができます. NAVI "Loop Start..." ! ループ開始(5回) ! 数値に 0 を指定すると無限ループになります. LOOP 5 # 10 ! 自動回転モード(Y軸回転) ROTATION ON 0 +5 ! レンダリング(全てのP原子をSpacefillで表示します) RENDER *:*:P Spacefill Biggest Smallest ! 色指定(残基別の色に表示を変更します) COLOR * Group - ! ラベル(全分子のP原子,S原子に残基名を表示します) LABEL *:*:P Group - LABEL *:*:S Group - ! リボン(消去) RIBBON * OFF - - # 10 ! 自動回転モード(X軸回転) ROTATION ON 5 0 ! レンダリング(全ての分子をBallandStickで表示します) RENDER * BallandStick Small Normal ! 色指定(原子別の色に表示を変更します) COLOR * Atom - ! ラベル(消去) LABEL * OFF - ! リボン(全ての分子にHelixリボンを表示します) RIBBON * Helix Smallest Red RIBBON 1 Wireframe Biggest White ! ループ繰り返し ! 直前に指定したLOOPの位置に処理を移します. LEND NAVI "Loop End." ! 自動回転モード解除 ROTATION OFF 0 0 0 ! ムービーはここまでです. ! スクリプト書式 ! LOAD ["分子ファイル名"] ! LOOP [ループ回数] (0を指定すると無限ループになる) ! LEND (ループ終端) ! # [経過時間] (およそ、数値x100ms) ! MOVE [対象分子] [ON/OFF] ! SEEN [対象分子] [ON/OFF] ! RENDER [対象分子] [RENDER] [STICK SIZE] [BALL SIZE] ! COLOR [対象分子] [COLOR] [COLOR] ! LABEL [対象分子] [LABEL] [COLOR] ! RIBBON [対象分子] [RIBBON] [RIBBON SIZE] [COLOR] ! TRACE [対象分子] [ON/OFF] ! STEREO [ON/OFF] ! ROTATION [ON/OFF] [X ROTATION] [Y ROTATION] ! NAVI ["出力文字列"] ! ZOOM [拡大率] (70 - 250%) ! ! コメントアウト(1文字目のみ有効) ! 対象分子書式 ! * 全分子 ! 1 番号1の分子 ! 1-3,5 番号1〜3の分子と番号5の分子 ! 1:GUA_2 番号1の分子のGUA_2残基 ! *:GUA 全てのGUA残基 ! *:2 全ての残基番号2の残基 ! *:3-5,7-9 残基番号3〜5,7〜9の残基 ! 2:ADE_3:C3' 番号2の分子のADE_3のC3'原子 ! *:*:P 全てのP原子 ! *:1:C* 残基番号1の全てのC原子 ! *:*:N*,O* 全てのN原子とO原子 ! *:3-20:P 残基番号3から20までのP原子 ! 注意! ! *:H2' これは間違いです.全てのH2'原子を指定する場合は *:*:H2' としてください. ! 残基名,残基番号,原子名はBioBoxのPickAtomで表示されるものと同じです. ! 1:GUA_2 を 1:G_2 と書いても認識されません. ! ループ内でLOADを実行しないようにしてください. ! 例えば、 ! LOOP 0 ! LOAD "test.pdb" ! LEND ! これを実行すると無限にtest.pdbを読み込みつづけることになります. ! LOAD はスクリプトの最初にまとめておくようにしてください. ! オプション ! RENDER ! [RENDER] Wireframe Stick BallandStick Spacefill Dot OFF ! [STICK SIZE] Normal Big Bigger Biggest Smallest Smaller Small ! [BALL SIZE] Normal Big Bigger Biggest Smallest Smaller Small ! COLOR! ! [COLOR] Group Molecule Atom ! [COLOR] White Red Green Blue Yellow Purple SkyBlue LightGreen Pink Orange Gley ! LABEL ! [LABEL] OFF Atom Group Molecule ! [COLOR] White Red Green Blue Yellow Purple SkyBlue LightGreen Pink Orange Gley ! RIBBON ! [RIBBON] OFF Line Wireframe Helix ! [RIBBON SIZE] Normal Big Bigger Biggest Smallest Smaller Small ! [COLOR] Molecule White Red Green Blue Yellow Purple SkyBlue LightGreen Pink Orange Gley