Format
BioBoxの基本となるMoleculeおよびDisplayメニューの操作方法について説明します．
MoleculeおよびDisplayメニューでは，まずRANGE SELECTIONから機能の適用範囲を指定します．
さらに各機能の動作や表示を指定し，EXECUTEボタンをクリックして実行します．
RANGE SELECTIONには以下の項目が含まれます．
| All | 全て選択 |
| Specific | 任意の分子，残基，原子を指定して選択 |
| Backbone | 主鎖を選択 |
| SideChain | 側鎖を選択 |
| Helix | ヘリックス部位を選択 |
| Pick Molecule | 分子をピックして選択 |
| Pick Group | 残基をピックして選択 |
| Pick Atom | 原子をピックして選択 |
Pick Moleculeなどでピックした対象はナビゲーションウィンドウに表示されます．
ダブルクリックすると同じグループを全て選択します．
例えば，Pick GroupでGUA残基をダブルクリックすると全てのGUA残基が選択されます．
また，Ctrlキーと同時にクリックすると追加選択となります．
全てのGUA残基とADE残基をピックしたい場合には，Pick GroupでGUA残基をダブルクリック，CtrlキーをおしながらADE残基をダブルクリック，となります．
RANGE SELECTIONをSpecificにした場合のみMOLECULE，GROUP，ATOMの項目が入力可能になります．
それぞれ，一覧の中から直接選択する方法の他に，書式を指定して選択する事もできます．
任意の分子，残基，原子の書式は以下の通りです．
MOLECULE
| * | 全分子 |
| 1 | 番号１の分子 |
| 1-3,5 | 番号１〜３の分子と番号５の分子 |
GROUP
| * | 全残基 |
| GUA_2 | GUA_2残基 |
| GUA | GUA残基全て |
| GUA,ADE | GUA残基全てとADE残基全て |
| 2 | 残基番号２の残基 |
| 3-5,7-9 | 残基番号３〜５，７〜９の残基 |
ATOM
| * | 全原子 |
| C3' | C3'原子 |
| C* | C原子全て |
| *2 | O2, N2, H2などの原子全て |
| N*,O*,H* | N, O, H原子全て |
機能の動作や表示の切り替えは各メニューごとの説明を参照してください．
BioBoxでは分子の色やリボン，ラベルの色などを変更する事ができます．
色を選択するCOLORという項目では，あらかじめ用意されている複数の色の他にRGB値を指定して選択することもできます．
RGB値はRed, Green, Blueごとに 0 〜 255 の範囲で指定し，16進数(00 〜 FF)で入力します．
例えば，RGB(128, 30, 255)では
#801EFF
となります．
この書式は初期設定ファイルの色指定にも有効です．
あらかじめ用意されている色一覧とRGB値．
| Black | #000000 |
| White | #FFFFFF |
| Red | #FF0000 |
| Green | #00FF00 |
| Blue | #0000FF |
| Yellow | #FFFF00 |
| Purple | #FF00FF |
| SkyBlue | #00FFFF |
| LightGreen | #80FF80 |
| Pink | #FF8080 |
| Orange | #FF9600 |
| Gley | #808080 |