PAGETOP

- Initialization -

初期設定ファイル(biobox01.ini)を編集することでBioBoxをより便利に活用することができます．

初期設定ファイルはBioBoxを起動するとBioBoxが起動されたフォルダに自動的に作成されます．
例えば，PDBファイルからBioBoxを起動した場合にはそのPDBファイルがある場所に作成されます．
また，インストールしたフォルダにあるファイルをコピーして使用することもできます．

設定ファイルは２つのパートからなります．

#COMMONBioBox全てに共通な項目の設定です．
#EXPAND将来の拡張用に用意されている項目です．現在，残基別の色を設定できます．

#COMMONの設定

Main Window Size
WINDOWXウィンドウの幅です．160 〜 1600 の範囲で指定します．
WINDOWYウィンドウの高さです．120 〜 1200 の範囲で指定します．
WINDOWLウィンドウの左端位置です．-1000 〜 1600 の範囲で指定します．
WINDOWTウィンドウの上端位置です．-1000 〜 1200 の範囲で指定します．
View Window Size
VIEWX1ビューウィンドウ１の幅です．160 〜 1600 の範囲で指定します．
VIEWY1ビューウィンドウ１の高さです．120 〜 1200 の範囲で指定します．
VIEWL1ビューウィンドウ１の左端位置です．-1000 〜 1600 の範囲で指定します．
VIEWT1ビューウィンドウ１の上端位置です．-1000 〜 1200 の範囲で指定します．
ビューウィンドウ２，３についても同様に指定します．
Rendering
RENDERレンダリングの標準設定を変更します．
　Wireframe
　Stick
　BallandStick
　Spacefill
　Dot
　OFF
のいずれかを指定します．
Color
COLORカラーの標準設定を変更します．
　Atom
　Group
　Molecule
のいずれかを指定します．
MCOLCOLORでMoleculeが指定された場合に分子の色を変更します．
ここで指定できる色はこのページの一番下に示してあります．
Ribbon
RIBBONリボンの標準設定を変更します．
　Line
　Wireframe
　Helix
　OFF
のいずれかを指定します．
Open Mode
OPENMODEBioBox起動時のファイルオープンモードを設定します．
Relative または Absolute を指定します．
Full Screen
FSCREENBioBoxの起動と同時にFull Screenを有効にします．
ONを指定すると有効に，OFFを指定すると無効になります．
Stereo View
STEREOBioBoxの起動と同時にStereo Modeを有効にします．
ONを指定すると有効に，OFFを指定すると無効になります．
STYPEステレオビューの表示方法です．
CrossかParallelのどちらかを指定します．
SANGLEステレオビューの表示角度です．
1.0 〜 9.0 の範囲で指定します．
View Mode
VIEWMODEBioBoxの起動と同時にView Modeを有効にします．
ONを指定すると有効に，OFFを指定すると無効になります．
VIEW1VIEWMODEをONにした場合，View Modeのウィンドウ１を開きます．
VIEW2VIEWMODEをONにした場合，View Modeのウィンドウ２を開きます．
VIEW3VIEWMODEをONにした場合，View Modeのウィンドウ３を開きます．
Rotate Mode
ROTATEBioBoxの起動と同時にRotate Modeを有効にします．
ONを指定すると有効に，OFFを指定すると無効になります．
ROTATIONROTATEをONにした場合，回転を自動的に開始させるかどうかを指定します．
RTYPERTYPEを0にすると分子は回転しつづけ，1にすると分子の回転にブレーキがかかります．
ROTATXROTATIONをONにした場合，Ｘ軸の回転速度を指定します．-30 〜 30 の範囲で指定します．
ROTATYROTATIONをONにした場合，Ｙ軸の回転速度を指定します．-30 〜 30 の範囲で指定します．
Mouse Setting
MBUTTONマウスのボタン数を指定します．3 を指定すると MMPICK 〜 MMZOOM を，
2 を指定すると MMPICK2 〜 MMZOOM2 を標準設定とします．
MMPICKマウスピックの初期設定を指定します．
MMXYMOVXY軸移動操作の初期設定を指定します．
MMZMOVＺ軸移動操作の初期設定を指定します．
MMXMOVＸ軸移動操作の初期設定を指定します．
MMYMOVＹ軸移動操作の初期設定を指定します．
MMXYROTXY軸回転操作の初期設定を指定します．
MMZROTＺ軸回転操作の初期設定を指定します．
MMXROTＸ軸回転操作の初期設定を指定します．
MMYROTＹ軸回転操作の初期設定を指定します．
MMZOOMズーム操作の初期設定を指定します．
Other Option
BACKCOL背景色の標準設定を変更します．
ここで指定できる色はこのページの一番下に示してあります．
FONTSIZEラベルの文字サイズを変更します．8 〜 72 の範囲で指定します．
FONTFACEラベルのフォントを変更します．
MINSTEPモデリングでの計算ステップの最大値を変更します．
0 〜 50000 の範囲で指定します．
EXITBioBoxの終了確認を行うかどうかを設定します．
ONを指定すると有効に，OFFを指定すると無効になります．
Prepare Transformation
PREROTX立体構造を表示する前にＸ軸回転させます．-180 〜 180 の範囲で指定します．
PREROTY立体構造を表示する前にＹ軸回転させます．-180 〜 180 の範囲で指定します．
PREROTZ立体構造を表示する前にＺ軸回転させます．-180 〜 180 の範囲で指定します．
PREZOOM立体構造を表示する前に拡大・縮小させます．70 〜 250 の範囲で指定します．
ただし，PREROTX，PREROTY，PREROTZ，PREZOOMの値は
BBM形式のファイルを読み込んだ時には無視されます．
Monitor Type
MONITOR裸眼立体視対応のモニタを指定します．1 〜 18 の範囲で指定します．
現在指定可能なモニタは以下の18種類です．
1　SANYOLCD2-2　三洋 LCD
2　SANYOLCD8-4　三洋 LCD
3　SANYOLCD22-7　三洋 LCD 22インチ
4　SANYOLCD40-4　三洋 LCD 40インチ
5　SANYOPDP50-4　三洋 PDP 50インチ
6　SHARPLCD15-2　シャープ LCD 15インチ
7　ArisawaMicroPol　有沢 Micro pol
8　X3DLCD15-8　X3D LCD 15インチ
9　X3DLCD17-8　X3D LCD 17インチ
10　X3DLCD19-8　X3D LCD 19インチ
11　X3DPDP43-8　X3D PDP 43インチ
12　X3DPDP50-8　X3D PDP 50インチ
13　StereoGraphicsSG204　StereoGraphics SysthaGram 204
14　StereoGraphicsSG222　StereoGraphics SysthaGram 222
15　StereoGraphicsSG305　StereoGraphics SysthaGram 305
16　StereoGraphicsSG404A　StereoGraphics SysthaGram 404A
17　StereoGraphicsSG404B　StereoGraphics SysthaGram 404B
18　HIBINOLVD　ヒビノ LVD シリーズ LED ディスプレイ

#EXPANDの設定

CL_[アミノ酸名]２０種類のアミノ酸のGroup Colorを変更します．
[アミノ酸名]は ALA, ARG, ASN, ASP, CYS, GLN, GLU, GLY, HIS, ILE,
LEU, LYS, MET, PHE, PRO, SER, THR, TRP, TYR, VAR です．
CL_[核酸名]５種類の核酸のGroup Colorを変更します．
[核酸名]は ADE，CYT，GUA，THY，URI です．
ここで指定できる色は以下の通りです．
Group Color
設定色一覧 Black
White
Red
Green
Blue
Yellow
Purple
SkyBlue
LightGreen
Pink
Orange
Gley
#000000 〜 #FFFFFF

各項目はいずれも省略することができます．
誤った記述をした場合にも特に問題が起こることはありませんが，設定ファイルが初期状態に復元，上書きされる可能性があるので，特別な初期設定ファイルを作成した場合にはバックアップを取っておくと良いかもしれません．

設定ファイルは実行するファイルのある場所に置くことで有効になります．
つまり，BioBox本体から起動した場合にはBioBox本体と同じ場所に，立体構造ファイルから起動した場合には立体構造ファイルと同じ場所に，PowerPointなどのプレゼンテーションツールから起動した場合にはプレゼンテーションファイルと同じ場所に設定ファイルを置いてください．

設定ファイルには適当な文字列を書き込んでも無視されますが，最初の一文字目に ! (半角)をつけるとコメント文として認識されます．